但是，在玉米加工机械的发展还是存在着一些问题，例如环境污染等负面影响，所以通过总结实践，国内玉米加工机械存在，技术含量地，总体技术性能要落后国外一定程度，并且相应伴随的就是转化率的问题，国内80%以上的玉米加工产品属于一次性加工，这就使我们的利用率在不断下降。针对这些问题，我们需要综合防治，加强对玉米加工设备市场的供需平衡，进行调整使国内设备的发展速度与能力相符。
国内玉米加工机械综合加工能力较弱，资源综合利用率不高。严格来说，我国80%以上的玉米加工产品属于粗加工或一次加工品，产业链条短，产业化程度低。我国玉米淀粉加工厂实际的玉米综合利用率在92%左右，这一指标在发达国家却高达99%以上。
另外，国内玉米加工机械的国产化水平普遍较低，技术落后，加工成本高，玉米深加工技术与发达国家还有相当大的差距，而效益较好的玉米深加工企业基本上采用进口设备。
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